南京铁路运输检察院作为江苏省院知识产权案件跨区域集中办理改革试点单位，从2013年10月8日起，正式承担南京市秦淮、栖霞、浦口、溧水、高淳五区公安机关侦查的侵犯知识产权犯罪案件的审查逮捕和审查起诉，以及由南京铁路法院审理的上述五区知识产权刑事、民事案件的审判监督工作。该院认真履行检察职能，大胆探索，勇于实践，积极开展知识产权保护，有力惩治了知识产权刑事犯罪。
日前，该院被国家版权局授予查处侵犯版权案件有功单位“二等奖”。近年来，该院所办案件还先后被评为江苏省版权局2014年度打击侵权盗版十大案件、南京市中院2015年十大典型案件。
