南京铁检院作为江苏省院知识产权案件跨区划集中办理改革试点单位，从2013年10月8日起，正式承担南京市秦淮、栖霞、浦口、溧水、高淳五区公安机关侦查的侵犯知识产权犯罪案件的审查逮捕、审查起诉以及由南京铁路法院审理的上述五区知识产权刑事、民事案件的审判监督工作。
该院在没有先例、没有跨区划办理经验可供借鉴的情况下，克服困难、勇挑重担、积极探索，认真履行检察职能，积极开展知识产权保护工作，有力惩治了知识产权刑事犯罪。日前，因工作成绩突出，该院被国家版权局授予查处侵犯版权案件有功单位二等奖。近年来，该院所办的案件还先后被评为江苏省版权局2014年度打击侵权盗版十大案件、南京市中院2015年十大典型案件。
